Die japanische Inselkette erstreckt sich in einem langen Bogen von Norden (45. Breitengrad, Hokkaidō) nach Süden (20. Breitengrad, Okinotorishima). Daher ist das Klima in Japan sehr unterschiedlich ausgeprägt; von der kalt-gemäßigten Klimazone in Hokkaidō mit kalten und schneereichen Wintern bis in die Subtropen in der Präfektur Okinawa. Dazu kommt der Einfluss von Winden – im Winter vom asiatischen Kontinent zum Meer und im Sommer vom Meer zum Kontinent. Im späten Juni und frühen Juli fällt im Süden ein Großteil des Jahresniederschlages als monsunartige Regenfront (梅雨前線, baiu zensen).
Im Frühsommer beginnt die Taifun-Saison, bei der vor allem der Süden und der Südwesten Japans von über dem Pazifischen Ozean entstehenden Wirbelstürmen betroffen sind (z. B. von Taifun Tokage und Taifun Conson im Jahr 2004). Statistisch gesehen erreichen Japan die meisten Taifune im September, obwohl sie im Pazifikraum im August am häufigsten sind. Der stärkste je aufgezeichnete Taifun Japans war der Ise-wan-Taifun von 1959. Seine Auswirkungen waren verheerend: Über 5.000 Menschen kamen ums Leben. Die Winde tragen auch dazu bei, dass Japan verstärkt von transnationaler Umweltverschmutzung betroffen ist.
Japan kann wegen seiner breit gefächerten geographischen Verhältnisse in sechs Hauptklimaregionen eingeteilt werden:
Hokkaidō: nicht sonderlich starke Niederschläge, während der langen kalten Winter größere Schneeverwehungen
Japanisches Meer: Der Nordwestwind im Winter bringt starken Schneefall. Im Sommer ist diese Region kühler als die pazifische Region, jedoch gibt es hier öfter Föhn.
Zentrales Hochland: starke Temperaturunterschiede zwischen Sommer und Winter sowie Tag und Nacht, geringe Niederschläge
Seto-Inlandsee: Die Berge der Region Chūgoku und Shikoku halten den Wind auf und führen zu einem ganzjährig milden Klima.
Pazifikregion: kalte Winter mit geringem Schneefall und heiße trockene Sommer
Nansei-Inseln (Ryūkyū-Inseln): subtropisches Klima mit warmen Wintern und heißen Sommern. Starke Niederschläge vor allem während der Regenzeit, regelmäßig auftretende Taifune.
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